สำนักงานปศุสัตว์จังหวัดจันทบุรี เป็นหน่วยงานราชการส่วนภูมิภาค สังกัดกรมปศุสัตว์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์มีพันธกิจด้านพัฒนาและถ่ายทอดเทคโนโลยีด้านปศุสัตว์ให้แก่เกษตรกร/กลุ่มเกษตรกร เพื่อพัฒนาอาชีพการเลี้ยงปศุสัตว์ให้มีประสิทธิภาพการผลิตให้ได้มาตรฐาน ตามนโยบายของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ด้านความปลอดภัยของอาหารเพื่อให้ผู้บริโภคได้บริโภคอาหารที่ปลอดภัย ปราศจากสารตกค้างและการปนเปื้อนจากเชื้อโรคต่างๆ ตั้งแต่ฟาร์มเลี้ยงสัตว์จนถึงผู้บริโภค ด้านมาตรฐานฟาร์มเลี้ยงสัตว์ตามประกาศกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2542 ,พ.ศ.2545 และประกาศคณะกรรมการมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ พ.ศ. 2546 , พ.ศ.2547 และ พ.ศ.2548
       ตลอดจนดำเนินการควบคุมป้องกันและบำบัดโรคสัตว์ตามกฎหมายควบคุมโรคในสัตว์ โดยเฉพาะโรคติดต่อระหว่างสัตว์กับคน ภายใต้ พ.ร.บ.โรคระบาดสัตว์ พ.ศ. 2499 ,พ.ร.บ.โรคพิษสุนัขบ้า พ.ศ. 2535 ตลอดจนกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
       เป็นหน่วยงานสนับสนุนการดำเนินงานของผู้ว่าราชการจังหวัดและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง โดยมีสำนักงานปศุสัตว์อำเภอเป็นหน่วยงานบริการย่อยในระดับพื้นที่ทุกอำเภอในการบริการประชาชนและเกษตรกรผู้เลี้ยงสัตว์